大戰(zhàn)之后閃焰隊解散，成員們只得自己另尋出路，大部分成員金盆洗手，和寶可夢過上了普通日子。閃焰隊的干部們被捕入獄，迎接他們的是幾十年的牢獄生涯。

    帕琦拉是卡洛斯家喻戶曉的人物：她是受觀眾喜愛的知名主持人，也是卡洛斯的火系天王。她入獄的消息震驚了整個卡洛斯，喜愛她的觀眾和訓(xùn)練家無不為她惋惜。

    帕琦拉在接受媒體采訪時時并無悔過之意，她有她想守護的人和想堅守的理想。她承認她的想法與主流觀點相悖，然而觀點并無對錯之分，她認為自己履行了對弗拉達利的承諾，盡到了閃焰隊干部的職責(zé)。

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    【骷髏隊】

    古茲馬解散了骷髏隊。大姐頭布爾美麗開始帶領(lǐng)部分隊員尋找新的生活方向，她自己也開始為未來奮斗，最終挑戰(zhàn)了寶可夢聯(lián)盟。

    解散后的骷髏隊成員開辦了呆呆獸尾巴燒烤連鎖店。他們的尾巴來路正規(guī)，燒烤醬汁濃郁，讓人唇齒留香。在小溪的購物中心里，也能找到他們的尾巴連鎖店。

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    【露莎米奈】

    露莎米奈把虛吾伊德放歸究極空間，她的神經(jīng)毒素徹底痊愈了，控制欲減弱，莉莉艾被允許穿她自己喜歡的衣服。她對被做成寶可夢感到愧疚，半是為了贖罪，半是為了將來能和莫恩合作，她把工作當(dāng)成了人生的首要任務(wù)。

    以太基金會每年都會救助上萬只寶可夢，其中大部分寶可夢在身體恢復(fù)后回到自然，小部分被訓(xùn)練家收養(yǎng)。布魯皇meimei一家不愿意被領(lǐng)養(yǎng)，一直留在以太基金會，小溪經(jīng)常帶布魯皇回家探親。

    以太基金會還和究極大都會合作，共同研究究極異獸。芭內(nèi)特、扎奧博和碧珂將以太基金會組織得僅僅有條，研究員總能在核心期刊發(fā)表論文。

    莫恩一直沒有找回記憶，露莎米奈也不愿意驚醒他。她反省曾經(jīng)的自己，年輕時的她控制欲太強，莫恩和她在一起時并不總是快樂的，莫恩現(xiàn)在生活得更幸福。她有意避開莫恩，不去打擾他的生活?？墒俏迥旰蟮囊粋€下午，莫恩在與她商討合作時突然向她表白。

    “聽說您的丈夫不在了，那您愿意考慮我嗎？”他問，“我總覺得，要是我有妻子，那她一定是您這樣的?！?/br>
    露莎米奈答應(yīng)了他。她在親友們的祝福下，又一次與莫恩步入婚姻的殿堂。這一次兩人再也沒有分開。

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    【莉莉艾和格拉吉歐】

    與究極異獸的決戰(zhàn)讓莉莉艾變得勇敢，她開始了諸島巡禮。其間她收服了皮皮、花療環(huán)環(huán)和阿羅拉九尾，成為了妖精屬性訓(xùn)練家。她克服了膽怯，報名參加了拉納基拉山的聯(lián)盟大會。雖然并沒有取得名次，但是戰(zhàn)斗卻讓她加深了和寶可夢的牽絆。

    她發(fā)現(xiàn)自己的興趣并不在對戰(zhàn)，她不喜歡寶可夢受傷；她的興趣在為寶可夢治療，她想要成為喬伊小姐那樣能治愈寶可夢身體創(chuàng)傷的人。

    大會之后，就在她準(zhǔn)備回家時，許久不見的小星云突然出現(xiàn)。久別重逢，莉莉艾與它對戰(zhàn)后收服了它。她帶著小星云等寶可夢在各個地區(qū)冒險。她們見到了許多未曾見過的寶可夢。幾年后她回到以太基金會工作，職業(yè)是寶可夢治療師。

    為了變強，她的哥哥格拉吉歐在大戰(zhàn)后登上了駛往關(guān)都地區(qū)的豪華游輪——圣特安努號。他挑戰(zhàn)關(guān)都地區(qū)的強大訓(xùn)練家，從切磋中學(xué)習(xí)對戰(zhàn)技巧。他的氣質(zhì)在一次次驚險的對決中發(fā)生了改變，唯一不變的是他的發(fā)型。他最終回到阿羅拉，從母親手中繼承了基金會。

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    【究極大都會】

    究極大都會重新獲得了光明，阿瑪茉和達爾斯在領(lǐng)導(dǎo)人西奧尼拉的指揮下，與索爾迦雷歐和露奈雅拉一同參與重建。新城市中沒有高塔，建筑物摒棄了黑色的外墻和棱角分明的風(fēng)格。居民們?yōu)楣廨x大神召開了追思會，歌頌光明，反思歷史，感謝神的原諒。

    阿瑪茉和達爾斯性格相去甚遠，然而一起冒險和工作的經(jīng)歷讓兩人發(fā)現(xiàn)了彼此的重要性。他們最終結(jié)婚生子。阿瑪茉懷念阿羅拉的自然風(fēng)光和寶可夢，和達爾斯乘坐露奈雅拉返回阿羅拉，在此定居。兩人在以太基金會工作，研究和調(diào)查未知的究極異獸。

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    【庫庫伊和芭內(nèi)特】

    聯(lián)盟落成，庫庫伊發(fā)表了講話，并以選手身份參加第一屆大會，毫無懸念地取得了冠軍。之后的兩年，他以冠軍的身份挑戰(zhàn)參賽者。第一年，小智與莎莉娜道別后來阿羅拉冒險，在聯(lián)盟大會中戰(zhàn)勝了庫庫伊。第二年，庫庫伊輸給了阿羅拉的新人訓(xùn)練家美月。他將冠軍的職務(wù)交給了美月，做回了寶可夢博士。

    為了不打破芭內(nèi)特對皇家蒙面人的美好幻想，他小心翼翼地隱藏自己的馬甲。但某次與島嶼之王聚餐時，庫庫伊不慎喝醉，回到家后整理衣柜時，他將皇家蒙面人的面具扔進了全家共用的臟衣袋。芭內(nèi)特這才發(fā)現(xiàn)男神和丈夫是同一人。她的幻想非但沒有破碎，反而成了真。

    很快芭內(nèi)特懷孕，生下一位長相酷似庫庫伊的男孩。男孩被取名為“雷伊”，意思是“阿羅拉的花環(huán)”，也有“親愛”之意。

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    【島嶼之王】

    島嶼之王哈拉、默丹和島嶼女王麗姿繼續(xù)保護島嶼的安全，教導(dǎo)新人訓(xùn)練家。庫庫伊邀請三位島嶼之王擔(dān)任寶可夢聯(lián)盟的四天王，默丹不喜歡熱鬧，懶得在眾人面前表演，因此拒絕了庫庫伊；哈拉和麗姿分別成為了新聯(lián)盟的格斗系和巖石系天王。哈拉退休后，他四天王的職責(zé)被馬睿因代替。